La pittura barocca, il disegno architettonico e la costruzione di un nuovo edificio per l'istituto (2001–2013)

Sybille Ebert-Schifferer succede a Matthias Winner nel 2001. La sua ricerca si è concentrata sulla pittura e sulle arti visive della prima età moderna, come ad esempio la pittura bolognese e romana e in particolare Caravaggio. Poco prima Elisabeth Kieven, specialista del disegno architettonico romano del XVII e XVIII secolo, era stata chiamata a succedere a Christoph Luitpold Frommel. Già in precedenza, nel 1994, si era deciso di costruire una nuova biblioteca al posto dell'ala della biblioteca degli anni '60, ormai inadeguata in termini di statica e di protezione antincendio. Nel dicembre 2001 la biblioteca è stata chiusa per gli imminenti lavori di costruzione e 70.000 volumi sono stati trasferiti provvisoriamente alla Galleria Nazionale d'Arte Moderna (GNAM).

A partire dal Census of Antique Works of Art and Architecture Known in the Renaissance, la prima banca dati sulla ricezione della pittura, della scultura e dell'architettura antica nella prima età moderna, l'implementazione e lo sviluppo e di banche dati di ricerca complete è diventato un obiettivo primario di ricerca per entrambi i dipartimenti. La banca dati Lineamenta, iniziata nel 2000 sotto la direzione di Elisabeth Kieven, riunisce virtualmente tutti i disegni architettonici romani e italiani sparsi nel mondo. La banca dati ArsRoma, creata da Sybille Ebert-Schifferer nel 2001, raccoglie la produzione artistica a Roma dal 1580 al 1630. Entrambi i database funzionano con il software ZUCCARO, realizzato dall'Istituto sulla base dei requisiti e delle esigenze delle scienze umanistiche.